Quando si parla di farmaci e microbiota, il pensiero corre subito agli antibiotici. Eppure la ricerca scientifica degli ultimi anni ha chiarito che molti altri medicinali di uso quotidiano — assunti da milioni di persone per condizioni croniche — esercitano un effetto significativo e spesso sottovalutato sulla composizione batterica intestinale. Un effetto che in alcuni casi persiste per mesi e che può contribuire a quella sensazione diffusa di intestino “mai a posto” nonostante la terapia farmacologica sia corretta.
Un problema più grande di quanto si pensi
Uno studio pubblicato su Scientific Reports (Nature) nell’ottobre 2024, condotto su un’ampia coorte svedese di 2.223 soggetti, ha analizzato le associazioni tra 67 categorie di farmaci e la composizione del microbiota intestinale attraverso sequenziamento metagenomico shotgun. Il risultato è stato netto: 26 farmaci mostravano associazioni significative con almeno 40 specie batteriche intestinali. Tra questi, inibitori di pompa protonica, metformina, SSRI, FANS, beta-bloccanti e calcio-antagonisti. Un dato che ridisegna la conversazione sul microbiota, estendendola ben oltre gli antibiotici.
Gli inibitori di pompa protonica: i più prescritti, i più impattanti
I gastroprotettori — comunemente chiamati IPP o “omeprazolo” — sono tra i farmaci più prescritti al mondo, spesso assunti per anni in modo continuativo. Il loro meccanismo d’azione, che riduce l’acidità gastrica, ha però una conseguenza diretta sull’ecosistema microbico: un pH gastrico più elevato permette a batteri normalmente esclusi dallo stomaco di colonizzare tratti dell’intestino in cui non dovrebbero trovarsi.
Una review pubblicata su npj Biofilms and Microbiomes (Nature) nel novembre 2025 ha documentato che la disbiosi indotta dagli IPP può superare in termini di impatto quella causata dagli antibiotici. Gli IPP favoriscono la proliferazione di specie batteriche orali nel tratto gastrointestinale e riducono la diversità microbica intestinale, con un pattern di alterazione simile a quello osservato nei pazienti con malattie infiammatorie intestinali. Lo stesso studio segnala una potenziale associazione tra uso prolungato di IPP e rischio aumentato di IBD, mediata proprio dalla disbiosi che il farmaco induce.
Antidepressivi: un effetto antimicrobico non dichiarato
Uno degli aspetti più sorprendenti emersi dalla ricerca recente riguarda gli antidepressivi. Uno studio pubblicato su Scientific Reports ha testato in vitro l’attività antimicrobica di sei antidepressivi appartenenti a classi diverse — tra cui venlafaxina, desipramina, bupropione e citalopram — su 12 ceppi batterici commensali dell’intestino umano. Il dato emerso è inequivocabile: tutti i farmaci testati hanno mostrato attività batteriostatica o battericida su almeno alcuni dei ceppi, con effetti che variano a seconda della classe farmacologica.
Una revisione sistematica e meta-analisi pubblicata su ScienceDirect nell’ottobre 2024 ha ulteriormente approfondito il tema, documentando che gli SSRI aumentano l’abbondanza di Bacteroides mentre i triciclici si associano a livelli elevati di Clostridium, e che gli inibitori della ricaptazione della noradrenalina riducono significativamente le popolazioni di Lactobacillus. Un aspetto clinicamente rilevante: la stessa meta-analisi ha riscontrato che l’aggiunta di un probiotico alla terapia antidepressiva mostra una maggiore efficacia rispetto alla sola terapia farmacologica.
FANS e antinfiammatori: danni alla barriera intestinale
I farmaci antinfiammatori non steroidei — aspirina, ibuprofene, naprossene — sono tra i medicinali da banco più utilizzati. Il loro effetto sul microbiota avviene principalmente attraverso un meccanismo diverso rispetto agli IPP o agli antidepressivi: l’alterazione funzionale dell’intestino tenue, con un aumento della permeabilità della mucosa che predispone alla traslocazione batterica e all’infiammazione sistemica di basso grado.
La revisione sistematica su Gut Microbiota for Health ha sintetizzato le evidenze disponibili sui principali farmaci non antibiotici, classificando i FANS tra i farmaci associati ad alterazioni significative della diversità beta — ovvero della variabilità tra diversi campioni microbici — con un impatto sulla funzionalità complessiva del microbiota più che sulla sua composizione specifica.
Metformina: il caso più studiato
La metformina — il farmaco di prima linea per il diabete di tipo 2 — è il medicinale non antibiotico più studiato in relazione al microbiota. Il meccanismo d’azione è noto: la metformina altera la ricircolazione enteroepatica degli acidi biliari e modifica la composizione batterica intestinale, in particolare aumentando l’abbondanza di Escherichia e favorendo specifici pathway metabolici come il consumo di lattato. Lo studio svedese del 2024 ha replicato queste associazioni su larga scala, aggiungendo nuove osservazioni su alterazioni del metabolismo degli acidi grassi e della metionina nei pazienti trattati con farmaci antidiabetici.
Un effetto che si somma: la polifarmacia
Un tema ancora più critico emerge quando si considerano i pazienti in trattamento con cinque o più farmaci simultaneamente — la cosiddetta polifarmacia, comune nelle persone anziane e in chi gestisce condizioni croniche multiple. Lo stesso studio del 2024 ha documentato che la polifarmacia si associa a una riduzione significativa dell’indice di Shannon — la misura più comunemente usata per quantificare la diversità microbica — indipendentemente dai singoli farmaci assunti. Un effetto cumulativo che merita attenzione clinica.
Il microbiota intestinale è un sistema vivente che risponde a ciò che ingeriamo — inclusi i farmaci. Conoscere questo impatto non significa smettere le terapie, ma affrontarle con maggiore consapevolezza, valutando quando e come supportare l’ecosistema microbico durante e dopo i trattamenti.
Bibliografia
- Olsson L.M. et al. (2024)
New connections of medication use and polypharmacy with the gut microbiota composition and functional potential in a large population
Scientific Reports
https://www.nature.com/articles/s41598-024-71571-4 - Chen Z. et al. (2025)
The association of proton pump inhibitors and inflammatory bowel disease from the perspective of gut microbiota perturbation
npj Biofilms and Microbiomes
https://www.nature.com/articles/s41522-025-00848-x - Ait Chait Y. et al. (2020)
Unravelling the antimicrobial action of antidepressants on gut commensal microbes
Scientific Reports
https://www.nature.com/articles/s41598-020-74934-9 - Maier L. et al. (2018)
Extensive impact of non-antibiotic drugs on human gut bacteria
Nature
https://www.nature.com/articles/nature25979
